Mahepõllumajanduse nõuete täitmist kontrollitakse põhjalikult, seda teevad kas eraõiguslikud või riiklikud järelevalveasutused. Erinevalt enamikest Euroopa riikidest kehtib Eestis alates 2001. aastast riiklik kontrollsüsteem.

Põllumajandustootjaid kontrollib Põllumajandusamet, mahetoidu ja -sööda töötlejaid, turustajaid ja toitlustajaid Veterinaar- ja Toiduamet (VTA).  Jaekaubanduses kontrollib märgistust Tarbijakaitseamet.

Mahepõllumajandusega tegeleda soovija peab kõigepealt taotlema Põllumajandusametilt või VTA-lt ettevõtte tunnustamist. Tunnustamise käigus kontrollitakse ettevõttes kohapeal vastavust mahepõllumajanduse reeglitele. Tunnustatud ettevõte kantakse mahepõllumajanduse registrisse.

Edaspidi kontrollitakse maheettevõtteid kohapeal vähemalt üks kord aastas.

Igal aastal väljastavad järelevalveasutused igale ettevõttele tõendava dokumendi, kus on kirjas, milline toodang on ettevõttes mahe.