Eestis on mahepõllumajaduse teadusuuringutega peamiselt tegelenud:

• Eesti Maaülikool
• Maaelu Teadmuskeskus (end. Eesti Taimekasvatuse Instituut ja Põllumajandusuuringute Keskus)

Kogumikud "Teaduselt mahepõllumajandusele" (2012), "Teaduselt mahepõllumajandusele" (2014), "Teaduselt mahepõllumajandusele" (2017), "Teaduselt mahepõllumajandusele" (2019) ja "Teaduselt põllumajandusele" (2022) sisaldavad lühiartikleid Eestis läbiviidavatest mahepõllumajanduse teadusuuringutest.

Enamiku uuringute tulemusi on iga-aastaselt kajastatud Mahepõllumajanduse lehes.

Turu-uuringud

• Mahetoodangu eksport ja Euroopa Liidu riikidesse turustamine Eestist 2021. aastal (2022)
• Eesti elanike toidukaupade ostueelistused ja hoiakud (2020)
• Eesti toidukaupade positsioon siseturul 2019. aastal 
• Mahetoodangu eksport ja Euroopa Liidu riikidesse turustamine Eestist 2019. aastal
• Eesti toidukaupade positsioon siseturul 2018. aastal
• Eesti elanike toidukaupade ostueelistused ja hoiakud 2018
• Mahetoodangu eksport ja Euroopa Liidu riikidesse turustamine Eestist 2017. aastal (2018)
• Eesti elanike toidukaupade ostueelistused ja hoiakud (2016)
• Eesti toidukaupade positsioon siseturul 2016. aastal
• Mahetoodangu eksport ja Euroopa Liidu riikidesse turustamine Eestist 2015. aastal
• Mahedana müüdud toodangu osakaal mahepõllumajandustoodete toodangust Eestis 2014. aastal
• Maheturg 2013. aastal
• Maheturg 2012. aastal
• Maheturg 2011. aastal
• Maheturg 2010. aastal
• Kohalike mahepõllumajandustoodete ja- toidukaupade turg Eestis 2009. aastal
• Kohalike mahepõllumajandustoodete ja- toidukaupade turg Eestis 2008. aastal
• Kohalike mahepõllumajandustoodete ja- toidukaupade turg Eestis 2007. aastal
• Mahetoodete tarbijauuring, 2011

Taime- ja loomakasvatuse uuringud ja projektid

• OK-NET arable - põllukultuuride teemaline maheteabe võrgustik 
• ERA-NET CORE Organic Plus projekt (EMÜ, 2015–2018) FaVORDeNonDe – uuritakse töötlemise mõju õunamahla kvaliteedile mahe- ja tavapuuviljade puhul. 
• ERA-NET CORE Organic Plus projekt (EMÜ, 2015–2017) FertilCrop – uuritakse põllukultuuride külvikorras talviste vahekultuuride mõju mullaomadustele, kultuuride saagile ja umbrohtumisele. Köögivilja külvikorrakatses selgitatakse külvikorras oleval porgandil nii segaviljeluse kui ka biostimulaatorite toimet porgandi saagile
• Maaeluministeeriumi rahastatud rakendusuuringute projekt (ETKI, 2016–2017) „Ülevaade alternatiivsete mullaparandusainete kasutusvõimalustest ja tehnoloogiatest mahepõllumajanduslikus taimekasvatuses“ - mereadru ja järvemuda kasutusvõimaluste uurimine mullaviljakuse parandamisel.  Aruanne
• Maaeluministeeriumi rahastatud rakendusuuringute projekt  (ETKI, 2016–2019) „Kvaliteetse maheseemne tootmine, efektiivne mahetootmine ja viljakas muld“ – hinnatakse erinevate tera- ja kaunviljasortide sobivust maheviljelusse ning vahekultuuride segude, mükoriisa ja biosöe mõju järgnevate teraviljade saagikusele ja kvaliteedile.
• Maaeluministeeriumi rahastatud rakendusuuringute projekt (ETKI, 2016–2020) „Mahepõllumajanduses Eestis kasutamiseks sobivad sordid“ – teraviljade ja tomati sordivõrdluskatsed, hinnatakse laiarealise külvi, erinevate vahekultuuride ning biostimulaatorite efektiivsust mahetootmises.
• Maaeluministeeriumi rahastatud rakendusuuringute projekt  (ETKI) „Mahepõllumajanduses soovitatavad proteiini- ja energiarikkad kultuurid ja karjamaasegud“ – hinnatakse Alaska luste ja roog-aruheina söödaväärtust puhaskülvis ja segus punase ristikuga. Alustati lutsernisortide võrdluskatseid karjamaasegude koostamiseks. Hinnatakse põllukultuuride (oder, söödahernes, suvirüps) sobivust püsirohumaa järel kasvatamisel.  
• EL 7. raamprogrammi (ETKI) projektis „Tervislikud vähemlevinud teraviljad“ (2013-2018) - hinnatakse väetiste (sõnnik, läga, digestaat) efektiivsust kaera ja rukki väetamisel
• ERA-NET CORE Organic Plus (ETKI) projekt SoilVeg (2015-2017) - uuritakse vahekultuuride (rukis, raihein, tritikale) mõju peakapsa kasvatamisel mullaviljakusele ja mulla niiskusrežiimile ning umbrohtumusele, haigustele ja kahjuritele
• Eesti maheseemnekasvatuse olukorra hindamine ja ettepanekud maheseemnekasvatuse arendamiseks (ETKI, 2016)
• Ülevaade alternatiivsete mullaparandusainete kasutusvõimalustest ja tehnoloogiatest mahepõllumajanduslikus taimekasvatuses (2015)
• Täppisbiotõrje ja tolmeldamine mahepõllumajanduses (2011-2015)
• Vähetuntud toksiine tekitavate hallitusseente nomenklatuuri täpsustamine, toksiinide tekkimise tingimuste ja riskide vältimise selgitamine odral (2012-2014), Maheviljeluse juhend
• Aiakultuuride kasvatus- ning taimekaitsetehnoloogiate täiustamine toodangu kvaliteedi ja konkurentsivõime suurendamise eesmärgil (2010-2014)
• Energia-ja proteiinitarbe katmine mahelammaste söötmisel ning mahelambaliha biokvaliteet (2010-2014)
• Alternatiivsete väetusainete keskkonnahoidliku kasutuse võimalused ja efektiivsus tava- ja maheviljeluses võrdlevalt traditsiooniliste orgaaniliste ja mineraalväetistega (2010-2014)
• Kohalikel mahesöötadel baseeruva söötmisstrateegia väljatöötamine piimalehmadele (2010-2014)
• Ressursisäästlikku mahepõllumajandust edendav rahvusvaheline projekt BERAS
  Implementation
• Loomade heaolu ja loomatervishoid mahepõllumajanduses
• Lovet II
• Lovet
• Mahetootmisele ülemineku ja mahetoetuse mõju põllumajandusettevõtete tootmis- ja majandusnäitajatele 2011
• Mahetootmisele ülemineku ja mahetoetuse mõju põllumajandusettevõtete tootmis- ja majandusnäitajatele 2009

Maaelu arengukava keskkonnaalaste tegevuste püsihindamise aruanded sisaldavad maheettevõtete kohta tehtud uuringuid.