Mahepõllumajanduse aluspõhimõtteid järgides peavad kõik mahetootmise etapid (sh töötlemine) olema hoolikalt läbimõeldud, et pakkuda võimalikult kvaliteetset, tervislikku, keskkonnasõbralikku ja kõigi osapoolte suhtes õiglaselt toodetud toitu.

Euroopa Komisjoni määrus 834/2007 ütleb, et „mahepõllumajanduslikult töödeldud toodete tootmisel peaks kasutama töötlemismeetodeid, mille puhul on tagatud, et toote mahepõllumajanduslik terviklikkus ning olulised omadused säilitatakse tootmisahela kõigis etappides“. Lisaks rõhutatakse, et oluline on „selliste ainete ja töötlemismeetodite välistamine, mis võiksid olla eksitavad toote tegeliku laadi osas“ ja „toidu hoolikas töötlemine, kasutades selleks eelistatavalt bioloogilisi, mehaanilisi ja füüsikalisi meetodeid“.

Mahetöötlemise puhul on väga täpselt paika pandud, milliseid lisaaineid tohib kasutada. Töötlemisviisidest on keelatud ioniseeriva kiirguse kasutamine, muid otseseid piiranguid ei ole ning põhimõte, et töötlemismeetodi valikul toitainete väärtus võimalikult vähe langeks, on pigem soovituslikku laadi. Hetkel puuduvad kokkulepitud kriteeriumid, et hinnata, kas üks või teine töötlemisviis on mahepõllumajanduse aluspõhimõtetega piisavalt kooskõlas.

Toote omadused püsivad mõnda aega algsel kujul siis, kui seda võimalikult vähe töödelda - kahtlemata on värskete aedviljade tarbimine naturaalsel moel kasulik. Samas ei kehti see kõikide tootegruppide kohta, näiteks liha ja kala me töötlemata kujul tavaliselt ei söö. Töötlemine aitab hävitada ohtlikke patogeene, parandada toidu säilivust ja hõlbustada selle edasist kasutamist. Mahetootmise aluspõhimõtteid silmas pidades tekib siin aga küsimus, kus on optimaalne töötlemise taseme piir.

Näiteks on ka mahepiima puhul lubatud homogeniseerimine ja kõrgkuumutamine (ingl k UHT). Homogeniseerimise eesmärgiks on muuta piim rasvakihivabaks, selleks surutakse umbes 60 kraadini kuumutatud piim suure survega läbi sõela, lõhustades rasvaosakesed väga väikesteks. Kõrgkuumutamisel kuumutatakse piim umbes 140 kraadini ning seejärel pakendatakse aseptiliselt. See võimaldab saavutada pika säilivusaja – avamata pakendis toatemperatuuril kuni 6 kuud. Samas võivad taolise töötlemise käigus kannatada mõned piima kasulikud komponendid. Hiljuti tegi Eesti Maaülikooli Mahekeskuse Põllumajandusministeeriumi tellimisel uuringu, mis näitas, et homogeniseeritud, kõrgkuumutatud ja vähendatud rasvasisaldusega piimas on oluliselt vähem kasulikke rasvhappeid (oomega-3, CLA – konjugeeritud linoolhape) kui toorpiimas. Piima kuumutamine tapab kahjulikud bakterid, kuid paraku hävitab ka kasulikke ensüüme ja mikroorganisme, mis on olulised immuunsüsteemi tugevdamiseks.

Hiljutine Prantsusmaa teadlaste poolt tehtud uuring tõi esile, et piima homogeniseerimine lõhub piimarasva molekuli kesta, mis põhjustab muutusi molekuli struktuuris ja koostises ning millega seoses väheneb rasvade seeduvus. Seega on rasvamolekuli membraanil oluline roll rasvade ainevahetusel – see aitab kaasa toitainete omastamisele inimese organismis.

Siin toodud piima töötlemise näide on vaid üks paljudest – loomulikult vajab erinevate töötlemisviiside mõju toote kvaliteedile ja võimalikele tervisemõjudele senisest enam uurimist ning tulevikus on tõenäoline, et mahetöötlemise meetodite valikule seatakse täiendavaid piiranguid. FQH (Organic Food Quality and Health) teadlaste võrgustik (www.organicfqhresearch.org), mille liige on ka Eesti Maaülikool, on algatanud diskussiooni töötlemisviiside ja toidu kvaliteedi vahelistest seostest.